Café, Pepi e Limão conta a história de três adolescentes que vivem em situação de rua. Café foge do interior por conta de uma “vingança de família” que o persegue, na capital tenta encontrar seu pai, que está preso em um presídio local. Pépi vive na periferia, é violentada por seu padrasto e expulsa de casa pela própria mãe. Limão mora em um buraco sob um viaduto com sua mãe, Marta, que está muito debilitada devido ao vício. Os três se juntam para sobreviver, enquanto a amizade cresce entre eles. Mas os reveses do cotidiano acabam por levá-los à caminhos diferentes.